Nacido en Burgos, realizó sus estudios en el Real Conservatorio de Música de Madrid y en la Hochschule für Musik de Múnich. Señalado desde sus comienzos como uno de los grandes y precoces valores españoles en el campo de la dirección de orquesta, de 1980 a 1988 fue director artístico y titular de la Orquesta Sinfónica de Asturias, y entre 1986 y 2005 ocupó el puesto de director artístico y titular de la Orquesta Sinfónica de Tenerife, agrupación que se convierte rápidamente en un referente en el panorama musical español. En 1993 toma las riendas de la Orquesta Sinfónica de Galicia, labor que lleva a cabo hasta agosto de 2013, periodo en el que consigue un reconocimiento unánime por el nivel de excelencia alcanzado por el conjunto.

Colabora habitualmente con el Teatro Real de Madrid, Gran Teatre del Liceu de Barcelona, Festival Mozart de A Coruña y ha actuado en los festivales internacionales de Música de Canarias, Perelada, Granada, Santander, Schleswig-Holstein, Festival Bruckner de Madrid, Rossini Opera Festival, Festival de San Lorenzo de El Escorial y Quincena Musical de San Sebastián.

Además de dirigir habitualmente la práctica totalidad de las orquestas españolas, es llamado como director invitado por diferentes formaciones internacionales como la Orquesta Sinfónica de la Hessische Rundfunk de Fráncfort, Sinfónica de Berlín, Sinfónica de Múnich, Sinfónica de Dresde, Royal Philharmonic, Filarmónica de Londres, Orchestra del Maggio Musicale Fiorentino, Orchestra dell’Accademia Nazionale di Santa Cecilia di Roma, Orchestra Sinfonica Siciliana, Orchestra Sinfonica Nazionale RAI di Roma, Orchestra Sinfonica di Milano Giuseppe Verdi, Orquesta Nacional de Lyon, Orquesta Nacional del Capitolio de Toulouse, Sinfónica de Jerusalén, Orquesta Nacional de Polonia, Sinfónica de Helsingborg, Sinfónica de Trondheim, Orquesta Sinfónica de Puerto Rico y Orquesta Gulbenkian de Lisboa, entre otras.

Ha dirigido a grandes solistas de renombre internacional como Krystian Zimerman, Grigori Sokolov, Arcadi Volodos, Leif Ove Andsnes, Paul Lewis, Rafał Blechacz, Frank Peter Zimmermann, Julian Rachlin, Leónidas Kavakos, Anne-Sophie Mutter, Midori, Gil Shaham, Nikolaj Znaider, Sarah Chang, Arabella Steinbacher, Gidon Kremer, Maksim Vengérov, Renée Fleming, María Bayo, Ainhoa Arteta, Natalie Dessay, Nathalie Stutzmann, Ewa Podles, Vesselina Kasarova, Fiorenza Cedolins, Inva Mula, Plácido Domingo, Rolando Villazón, Carlos Álvarez, José Bros, Ann Murray o Manuel Barrueco.

Entre los galardones y distinciones que ha obtenido destacan el Premio Ojo Crítico de Radio Nacional de España (1990), Premio Ondas (1992 y 1996), Premio Nacional de Música (1995), Medalla de Oro a las Bellas Artes (1999), Director Honorario de la Orquesta Sinfónica de Tenerife (2006), Director Honorario de la Orquesta Sinfónica de Galicia (2013), Hijo Adoptivo de la ciudad de Santa Cruz de Tenerife y de la Isla de Tenerife, Medalla de Oro del Gobierno de Canarias, Académico correspondiente de las Reales Academias de Bellas Artes de San Fernando (Madrid) y Nuestra Señora del Rosario (A Coruña).

Víctor Pablo Pérez es invitado habitual de los grandes festivales internacionales. Recientemente ha sido invitado por el Centro Nacional de Difusión de la Música (CNDM) para dirigir en junio 2017, en el marco del Día de la Música, un programa con las Novenas Sinfonías de Haydn, Mozart, Garay, Beethoven, Schubert, Dvořák, Shostakóvich, Bruckner y Mahler con las cinco orquestas residentes en Madrid (ONE, ORTVE, OSM, ORCAM y JONDE) en un solo día, proyecto con el que ha obtenido un unánime y rotundo éxito.

A su vez y en su faceta de atención a los jóvenes, ha sido nombrado director titular y artístico de la Joven Orquesta de Canarias, con la que recientemente ha efectuado una gran gira de conciertos por las más importantes ciudades de China que ha supuesto un auténtico espaldarazo internacional para la formación canaria.

 
En septiembre de 2013, fue nombrado director artístico y titular de la Orquesta y Coro de la Comunidad de Madrid, con la que ha configurado un proyecto didáctico integral de referencia en España que da vida a tres orquestas y tres coros.